察微知远，创见全球｜ASMS 2026应用聚焦①: Orbitrap Tribrid Apex 质谱系统全新登场

至此，大家一定很关心Orbitrap Tribrid Apex 在不同领域的应用性能，下面就给大家分享一些具体的应用实例。

以 6 种茶叶提取物为样品，建立短梯度单次进样正负极性切换 LC-MS 方法。

分辨率相同时，使用极性切换，5min梯度中，IQ-X单个色谱峰仅有 3 个点，Apex单个色谱峰可获得超过6 个点。MS¹ 扫描总数 Apex 比 IQ-X 多出300多张，提升约50%。最终，Apex 5min短梯度即可获得IQ-X 15min 长梯度可注释化合物的 60%~73%，色谱时长缩短 66%。该工作流适用于高通量非靶向代谢组、脂质组大批量样本检测。

未知物 m/z=217.1183，该物质无直接匹配，经实时谱图库检索RTLS得到L-茶氨酸（m/z 175.1078）为最优相似物。仪器自动对共有匹配碎片 m/z 158.0817、独有碎片 m/z 112.0757分别采集MS³。MS³谱图比对证实二者共享特征亚结构，证明未知物与茶氨酸骨架相近。仅依靠MS²的碎片，两种候选结构 FISh 打分结果模糊，叠加未知碎片的MS³数据后，可直接排除错误候选结构式，锁定结构。

RTLS 结合 ddMS³（数据依赖多级质谱）策略，基于 mzCloud 谱库实时相似度检索，是未知代谢物高效定性的可行方案：通过匹配/非匹配双碎片 MS³ 采集，明确未知物与已知物共有骨架及独有结构，高效精简候选结构式，突破代谢组未知物鉴定瓶颈。

NIST SRM 1950 人血浆基质，掺入梯度浓度的同位素标记氨基酸。使用SQUAD方法，对比 IQ-X，Apex可实现苯丙氨酸柱上LLOQ 0.5 fmol，灵敏度提升10 倍，且线性动态范围拓宽至7 个数量级。同时，相较 IQ-X，Apex的一级二级谱图数均得到了大幅增加，可注释代谢物总数提升40%左右。单针进样融合靶向 + 非靶向两种策略，既能精准定量目标代谢物，又可后续回溯挖掘全谱未知代谢变化，兼顾定量精确度与广谱筛选能力。

凭借优化的离子并行性与IR辅助碎裂，Orbitrap Tribrid Apex 可提升TMT分析性能，增强报告离子信号，多肽定量与目标覆盖度，实现更可靠的多重分析。比较采用HCD和IRMPD碎裂发现后者可获得更高的TMT报告离子信号，对比 Ascend，可获得18%的定量多肽数目提升。结合Adaptive RT 和实时谱图库检索RTLS及IRMPD，可比HCD方式定量覆盖度提升2.4倍。

比较HCD和EThcD碎裂方式：两种碎裂鉴定的肽段数重合率为44%，无方法偏向性，二者鉴定结果互为补充。两种碎裂得到的 HLA 等位基因归属、肽结合特征基序完全一致，碎裂方法不改变抗原生物学特征。但EThcD 在每个肽骨架断裂位点产生更多碎片离子，且高置信度序列（CAA＞80%）肽段数量是 HCD 方式下的2倍。

Neo-SCOAD 一体化方法：融合 DDA 非靶向未知肽发现 + tMS2靶向候选新抗原精准分析。由于无靶向采集占用扫描周期，常规DDA 方法肽鉴定总数更高，但 Neo-SCOAD 依托 EThcD 大幅提升目标新抗原序列可靠性，精准解析目标肽 b/y、c/z离子碎片。

Neo-SCOAD 技术整合靶向与非靶向工作流，在拓展免疫肽组检测广度的同时，精准提升候选免疫治疗靶点（新抗原）可靠性。

使用Aquaporin Z膜蛋白标准品进行结合实验：非变性条件下，利用DMT模式，可清晰解析膜蛋白与不同数量分子的非共价结合状态，且可对该四聚体蛋白复合物（分子量近100kDa）实现同位素分辨分析。

Topdown分析：结合DMT模式与不同的碎裂方式，可实现碳酸gan酶 88%的序列覆盖率，而未使用DMT模式时，只能获得约40%的序列覆盖度。这是由于DMT模式可以更好地解析蛋白中段的大片段，从而实现更高的序列覆盖度。

使用DSSO 交联的 HEK293 细胞蛋白，并进行TMT11plex标记。相较Orbitrap Ascend 质谱，Orbitrap Tribrid Apex 可鉴定的交联肽段对(XLs)、交联谱图 (CSM)、及可定量的交联肽段对提升约 15%。对比 HCD碎裂，新增的IRMPD碎裂，获得的TMT 报告离子信号提升 3 倍，大幅减少定量通道缺失，改善多通道 TMT 准确定量。经优化后的 MS²-MS³（IRMPD 碎裂）方案可作为 TMT 定量交联质谱的优选采集方法，可高效实现细胞内全蛋白组水平互作定量分析。

使用模型肽段P1评估不同碎裂方式在HDX-MS分析中的氘重排率，并优化仪器内部各个主要参数观察其对氘重排率的影响，并建立一键式校正程序，可简化单氨基酸残基分辨率水平的HDX-MS分析。

ETD/EThcD：+3价母离子ETD 碎裂产生的平均氘重排率约10%，当辅助的HCD 碎裂能量在40%以内时，不会额外加剧氘重排。

IR-ETD/IR-EThcD：红外激光功率小于8% 时，+3 价母离子氘重排率稳定在 10%；功率超过10% 后重排率显著上升。结合IR和ETD可提高碎裂效率，提升肽段碎片信噪比与序列覆盖率。

直接质量分析技术DMT模式可从复杂的top-down和middle-down谱图中获取质量域信息，可有效提高序列覆盖度，尤其是传统方法难以解卷积的蛋白质序列的中段。结合DMT模式，抗体的轻链及Fd区域均可以实现超过70%的序列覆盖度，且实现CDR区域的可靠表征。

抗体CDR区天冬氨酸异构化对结合活性有很大影响，肽段 VVSVLTVLHQDWLNGKEYK 同时发生了天冬氨酸异构化及脱酰胺，相对丰度只有0.25%，仍可进行表征与定量。其中，天冬氨酸异构化的肽段在HCD碎裂时无特征碎片，借助IR-ETD 产生的c+57、z-57特征碎片离子，可准确区分天冬氨酸（Asp）和异天冬氨酸（isoAsp）。

单个平台中进行tRNA的完整分子量分析，自上而下分析和序列匹配。对CHO细胞的Tyr-tRNA进行完整分子量分析，质量偏差小于3ppm，同时可鉴定多种杂质。自上而下分析可获得丰富的碎片离子，实现可靠测序。在序列匹配中，使用lowQ-CID碎裂方式实现接近100%序列覆盖度。